В некоторых случаях (например, при аварийной перезагрузке сервера по питанию) из меню ISPManager пропадает пункт MySQL (он же «Базы данных»).
Это часто происходит по той причине, что сам ИСПменеджер запускается раньше означенных служб, сканирует владения, и дабы не смущать пользователя нерабочими (служба-то мускуля, напоминаю, не запущена) ссылками аккуратно их скрывает с глаз долой.
Как устранить эту ошибку — подробно описано в заметке по адресу: http://linux.remnabor.net/?p=63